Wirdum is een dorp waarin op een aantal plekken door de gemeente een meer op natuur gericht beheer wordt uitgevoerd, een beheer zoals dat ook in de heemtuinen in de stad Leeuwarden gebeurt. Langs de Loodyk in het dorp, ter hoogte van de Wirdumervaart, is in 2014 de voedselrijke bovenlaag verwijderd en een bloemrijk mengsel ingezaaid. Er zijn rozen, bessenstruiken en stinzenplanten toegevoegd aan het bestaande struweel. Enkele fruitboompjes zijn aangeplant en er zijn oude boomstammen die fungeren als insectenhotels, waarin insecten als vlinders en wilde bijen kunnen schuilen en hun eitjes kunnen afzetten. Het geheel fungeert goed en de planten en dierenrijkdom is sterk toegenomen, zo zien we er nu ook sprinkhanen.
Het kleibermtalud van de Swichumerdyk tussen Swichum en Wirdum en het grasland rond het schelpenpad achter de Lege Dyk worden beheerd als bloemrijk kleihooiland. Bij de Legedyk is in 2016 is een deel geplagd en opnieuw ingezaaid omdat de kruiden weinig kans hadden zich te vestigen in de relatief dichte grasmat. Ook werd zaad uitgestrooid. Het resultaat is dat bij de Lege dyk de geplagde plekken kruiden- en insectenrijker zijn en dat de rest, slechts heel langzaam kruidenrijker wordt. Langs de Swichumerdyk mocht de eerste vijf jaar geen zaad ingezaaid worden en ook niet geplagd worden. Zoals verwacht werd de berm slechts heel langzaam wat kruidenrijker. In 2020 mocht zaad gestrooid worden, dit versnelt het proces een beetje.
In het dorp is verder door de bewoners in 2015 stinzenflora aangebracht onder andere langs de doorgaande weg Wirdum Swichum, rond het hek van de kerk, in de tuin bij het dorpshuis en bij de Fikarij.
In 2021 is samen met de dorpen Warga, Wartena, Warstiens en de gemeente een insectennetwerk tussen de dorpen gelegd, dat zich langzaam zal gaan ontwikkelen. Het maaibeheer op de wegbermen van het lint wordt een gefaseerd maaizuigbeheer. In 2022 worden in al deze dorpen insectenhotels geplaatst.